Мустабид тузум давридаги тазйиқлар масжидни ҳам четлаб ўтмаган. 1956 йилда зиёратгоҳдаги масжиднинг очилишига рухсат берилган бўлса-да, 1959 йил декабрь ойида яна ёпилади.
1972 йилдан бошлаб, яъни Имом Бухорий
таваллудининг 1200 йиллиги (1974 йил) нишонланишидан икки йил аввал масжид
қайтадан фаолият юрита бошлайди.
Ўзбекистон Республикаси мустақилликка
эришгач, Вазирлар Маҳкамасининг 1997 йил 29 апрелдаги қарорига асосан, мақбара
атиги 8 ой мобайнида қайта бунёд этилади. Мақбара мурабба шаклида бўлиб, унинг
томонлари 9×9 метрни ташкил этган. Бинонинг умумий баландлиги, гумбази билан
бирга 17,6 метрга етади. Мажмуадаги масжид эса 6 метр баландликда, 19,5 метр
кенгликда ва 21,5 метр узунликда қурилади. У бир вақтнинг ўзида 1500 кишининг
намоз ўқиши учун мўлжалланган эди.
Президентимизнинг 2020 йил 2 мартдаги
“2017–2021 йилларда Ўзбекистон Республикасини ривожлантиришнинг бешта устувор
йўналиши бўйича Ҳаракатлар стратегиясини “Илм, маърифат ва рақамли иқтисодиётни
ривожлантириш йили”да амалга оширишга оид давлат дастури тўғрисида”ги фармонига
мувофиқ, ушбу ёдгорлик мажмуасини янги лойиҳа асосида барпо этиш ишларига старт
берилди.
Катта сиғимли масжид, Имом Бухорий
халқаро илмий-тадқиқот маркази, Имом Бухорий инновацион музейи ва Ҳадис илми
мактабини ўз ичига олган яхлит замонавий мажмуа бутунлай қайтадан қурилиб, 2026
йил баҳоридан эътиборан тўлиқ фойдаланишга топширилди.
